Sama dengan cerita naruto, di game ninja saga memiliki tiga macam jutsu yaitu taijutsu (teknik tubuh), ninjutsu (teknik elemen), dan genjutsu (ilusi). Di ninja saga, ketiga jutsu memiliki karakter yang tersendiri.
1. Ninjutsu.
Ninjutsu adalah jurus yang terdiri dari 5 elemen yaitu api, listrik, tanah, air, dan angin yang jika digunakan akan memerlukan chakra yang cukup banyak.
A. Api: elemen ini memiliki serangan yang tinggi dan jurus api tidak ada jurus yang bersifat bertahan.
B. Listrik: elemen ini juga memiliki damage yang lumayan tinggi apalagi kalau critical strike serangannya bisa sampai 5 kali. Jurus listrik memiliki 1 skill untuk bertahan yaitu lightning flash yg bisa membuat blind.
C. Tanah: elemen ini memiki damage yang menengah dan hapir sama dengan taijutsu. Hampir semua jurus token tanah digunakan untuk bertahan.
D. Air: elemen ini memiliki damage yang lumayan kecil, tapi ahli dalam teknik penyembuhan dan pertahanan.
E. Angin: elemen ini memiliki damage yang paling kecil jika dibandingkan dengan yang lain, tapi jurus ini memiliki efek yg bersifat sangat membantu seperti bleeding, flexible, dan memiliki cooldown sedikit serta chakra yang rendah.
2. Taijutsu.
Teknik ini hanya menggunakan 10 chakra dan memiliki kerusakan yang cukup parah jika musuh terkena tapi taijutsu akan memakan 5% HP.
3. Genjutsu.
Genjutsu tidak memiliki damage jika digunakan pada musuh, tapi setiap genjutsu memiliki efek seperti restriction, sleep, stun, fear, fear (weaken), dll.
